Le Garganeghe erano coltivate nel veneziano e nel padovano nel XII secolo ed una Garganica è citata già nel 1200 nel trattato di Pier de' Crescenzi. La somiglianza morfologica della Garganega con il Trebbiano toscano/Ugni blanc, del quale è stata citata talvolta come sinonimo, è oggi spiegabile perché le due varietà sono imparentate fra loro in primo grado. Oltre che con il Trebbiano toscano, la Garganega ha un rapporto di parentela padre-figlio con altre varietà ben note e diffuse da nord a sud dell'Italia, come il Catarratto, il Montonico bianco, l'Albana, la Marzemina bianca, l'Empibotte e la Malvasia bianca di Candia a sapore semplice, nonché con altre minori. La Garganega è genitore, con la Bermestia bianca, della Dorona di Venezia.

Le analisi molecolari hanno accertato la sinonimia con il Grecanico dorato siciliano.

La Garganega presenta una grande variabilità di tipi. Il Perez (1886) cita la Garganega bianca come tipo maggiormente diffuso e le sottovarietà Lizzara, Primaticcia, Osteona, chiamata anche Garganega agostana ed infine una Garganegona. Marzotto cita quattro tipologie di Garganega per uva da vino, cioè Garganega comune, Garganega biforcuta, Garganega grossa, Garganega piramidale o Garganegona e due tipologie da tavola, cioè Garganega a foglia frastagliata e Garganega rossa. Per il Cosmo, però, tutti questi tipi si possono ricondurre a due vitigni: la Garganega comune, con le sottovarietà Garganega biforcuta, Garganega frastagliata e Garganega rossa, adatti alla vinificazione e coltivati nelle colline del Soave, Colli Berici e Colli Euganei, e la Garganega grossa e la Garganega piramidale o Garganegona, molto meno diffuse e che si possono identificare con la Dorona di Venezia, quindi con caratteristiche più idonee all'uva da mensa.