La prima citazione riferita a questo vitigno risale al 1783 con il nome di 'Merlau' nella Gironde (Francia), e il nome 'Merlot' apparve più recentemente (1824) in un trattato sui vini del Médoc: 'Merlot' deriva da 'merlo', dato che questi uccelli gradiscono molto la sua uva (Rézeau, 1997; Robinsons et al., 2012).
Le analisi molecolari hanno evidenziato che il 'Merlot' si è originato da un incrocio spontaneo avvenuto in Francia tra il 'Cabernet franc' e Magdeleine noire des Charantes', una varietà a maturazione precoce al momento quasi totalmente sconosciuta e individuata in solo 5 piante (Boursiquot et al., 1999; Robinsons et al., 2012).
Fratelli del 'Merlot' sono il 'Cabernet sauvignon', 'Carmenère', 'Cot', 'Abouriou', avendo come genitore in comune il 'Cabernet franc'. Tutti questi vitigni appartengono al gruppo di vitigni denominato 'Carmenet', originario della Gironde, in Francia, o dei vicini Paesi Baschi, in Spagna (Robinsons et al., 2012).