Le prime notizie su questo vitigno sono state reperite negli archivi comunali di San Gimignano e risalgono al 1276, quando si commerciava il vino omonimo e lo si offriva in dono alla Curia, alla Casa Medicea ed ad altri principi italiani e stranieri. La “Vernaccia” venne lodata dal Bottigliere del Papa Paolo III, Sante Lancerio e celebrata nei versi di Buonarroti il Giovane e del Redi.
Il Micheli (1679) descrive come segue la “Vernaccia di S. Gimignano”: il grappolo è da una libbra e mezzo, fornito di granelli ridotti l'uno con l'altro, di figura e grandezza simile a quelle della “Zuccaia”; il colore è bianco flavo, il sapore è dolce. Molon (1906) cita una “Vernaccia in Toscana” che sarebbe un sinonimo della “Verdea d'Arcetri”.
Un’accurata descrizione di questo vitigno fu fatta dal Fregola nel 1932, successivamente De Astis (1937), descrive le caratteristiche della Vernaccia di San Gimignano affermando che “recenti indagini tendono a dimostrare la netta distinzione di questo vitigno dalle altre Vernacce italiane, bianche e nere, e quindi anche da quella classica di Sardegna”.
La completa descrizione ampelografica delle Vernacce, inclusa quella di San Gimignano, si trova nel lavoro di Bruni et al. (1962).
Con il termine Vernaccia si definisce un numeroso gruppo di varietà tra loro anche molto diverse dal punto di vista ampelografico che hanno in comune la caratteristica di dare origine ad un vino dalle doti organolettiche simili. Come nel caso delle Malvasie, il vino potrebbe aver dato il nome al vitigno.
L’etimologia del nome non è univoca in quanto esso può derivare da “vernaculus”, termine tardo latino con il quale si definiva tutto ciò che proveniva da un specifico luogo, non importato, autoctono, o da “Vernazza” (Gallesio, 1839), località delle Cinque Terre, nella Liguria orientale, famosa per il suo vino bianco, oggetto di grande commercio da parte della Repubblica marinara di Genova. A tale proposito, recentemente è stato identificata la sinonimia della “Vernaccia di San Gimignano” con il “Piccabón” identificato a Monterosso nelle Cinque Terre (Torello-Marinoni et al., 2009).
Altra ipotesi è che derivi da “Garnacha bianca”, vino bianco pregiato importato per i nobili (Rebora com. personali). Secondo le notizie esistenti nell'archivio comunale di S. Gimignano risulta che nel 1280 un certo Perone Peroni importò dalla Grecia dei maglioli che furono piantati nell’azienda Pietrafitta, da cui è stata prodotta per un lungo periodo una rinomata Vernaccia. È ipotizzabile che siano esistite due varietà distinte, di cui una toscana e l’altra greca (Scalabrelli, 1991).