E' una delle più antiche varietà di vite, la cui origine del Pinot è ancora ignota, e che presenta molte varianti somatiche. La prima citazione risale al tredicesimo secolo, in Francia, con i nome di 'Moreillon'. Altri antichi sinonimi sono 'Noirien' e ' Auvernat'. Il nome 'Pinot' è stato documentato per la volta nel 1375, e si ritiene che il nome 'Pinot' derivi da 'pin' o 'pine' che significa 'pigna', dato la caratteristica forma pigna del grappolo (Robinson et al., 2012). Alcuni ritengono che il nome 'Pinot' derivi dal villaggio francese Pignols, dove la coltivazione del Pinot è documentata dal Medio Evo (Dion, 1959).
Nel Nord-Est della Francia, una serie di incroci spontanei tra Pinot e Gouais blanc, hanno dato origine a un gruppo di 21 varietà, denominato 'Noiren', che comprende alcune attuali importanti varietà: Aligoté, Aubin vert, Auxerrois, Bachet noir, Beaunoir, Chardonnay, Dameron, Gamay noir, Franc noir de la Houte-Saône, Françoi noir femelle, Gamay blanc gloriod, Gros bec, Knipperlé, Melon, Mézy, Peurion, Romaine, Romorantin, Roublot, Rubi, Sacy (Bowers et al., 1999; Boursiquot et al., 2004; Robinson et al., 2012). Inoltre il Pinot ha relazioni genetiche con la Dureza (vitigno francese) e alcuni vitigni diffusi nel Nord Italia: Teroldego, Marzemino, Lagrein (Vouillamoz and Grando, 1996). Importante è la relazione gentitore-figlio con un altro vitigno molto antico, il Traminer (Savagnin), senza sapere chi sia il padre e chi il figlio, e quindi la sua legame con i numerosi discendenti di questo vitigno (Regner et al., 2000).