Dalle nostre analisi per il suo profilo SSR il Moscatellone risulta compatibile per un’origine da incrocio tra il Moscatello e la sarda l’Axina de tres bias. Cipriani (2010) indica l’origine del Muscat of Alexandria come incrocio tra il Muscat blanc à petit grains e l’Axina de tres bias. Molti autori fanno delle considerazioni che riconducono l’origine di questo vitigno anche alla Grecia o alla Tunisia (“Italian Vitis Database”). Va considerato comunque che i vitigni che per profilo genetico hanno dato origine al Moscatellone hanno diverse corrispondenze nel bacino del Mediterraneo: l’Axina de tres bias è risultata corrispondente ad Heptakilo, per la quale vengono indicate anche le seguenti sinonimie: Heftakoili, Raisin du Japon, Sillas, Triboto. Ancor di più il Moscatello condivide il profilo SSR con tantissime accessioni (si veda la scheda Moscatello) fra cui anche il Muscat à petit grains. Pertanto l’origine geografica del Moscatellone rimane da accertare attraverso i riferimenti storici, giacché entrambi i genitori hanno diffusione in diverse aree geografiche del bacino del Mediterraneo.